女性生殖系统拥有多道防御机制。首先，阴道是第一道防线，阴道内含有乳酸杆菌，这种细菌可以产生乳酸，维持阴道的酸性环境，使得入侵的致病菌无法生存和繁殖。其次，子宫颈是第二道防线，宫颈内存在一种名为黏液栓的物质，它像瓶塞一样，可以阻止致病菌进入子宫腔。最后，子宫腔内膜是第三道防线，内膜有很多皱褶，可以防止病菌进入输卵管。月经来潮时，内膜会剥落，粘附在子宫腔内的病菌也会被“冲出”子宫腔。然而，这三道防线在月经期会暂时撤离。月经结束后，子宫内膜会剥落，留下一个巨大的创面；子宫颈的黏液栓会被经血流所取代；阴道的酸性环境会被经血的中性所取代。如果在月经期间进行性行为，阴茎带入的致病菌会在阴道内大量繁殖。这些致病菌可能会粘附在精子表面，进入输卵管，或者由于性行为造成的负压，被“吸入”输卵管。当大量致病菌到达输卵管并大量繁殖时，会引起输卵管炎，使其肿胀、坏死、化脓，形成瘢痕粘连，导致输卵管腔堵塞。输卵管被阻塞后，精子无法通过阻塞部位，在输卵管的外侧段等待的卵子也就无法受精，从而导致不孕症。有时，输卵管阻塞较轻，精子可以挤过狭缝到达输卵管的外侧段使卵子受精，但比精子大十几倍的受精卵却无法通过狭缝进入子宫腔，因此只能在地种植于输卵管，这就可能导致宫外孕。
