女性生殖系统拥有多重的防护机制。首道防线位于阴道，阴道内有乳酸杆菌，这种细菌能产生乳酸，维持阴道的酸性环境。这样，入侵的致病菌就无法生存和繁殖。第二道防线位于子宫颈，那里有像瓶塞一样的黏液栓，可以防止致病菌进入子宫腔。第三道防线在子宫腔的内膜，内膜有很多皱折，可以阻止病菌进入输卵管。月经来潮时，内膜会剥落，粘附的病菌也会被冲出子宫腔。然而，在月经期间，这三道防线会暂时撤离。子宫内膜剥落后，会留下一个较大的创面；子宫颈的黏液栓会被经血流所取代；阴道的酸性环境会被经血的中性所取代。如果在月经期间进行性行为，带入阴道的致病菌会大量繁殖。这些致病菌可能会粘附在精子表面进入输卵管，或者由于性行为造成的负压而被吸入输卵管。大量致病菌到达输卵管后，会大量繁殖，导致输卵管炎，使其肿胀、坏死、化脓，形成瘢痕粘连，只有像棉线一样粗的输卵管腔会被堵塞。输卵管被阻塞后，精子就不能通过阻塞部位，到输卵管的外侧段，等待在这里的卵子也就不能受精，从而导致不孕症。有时，输卵管阻塞较轻，精子可以挤过狭缝到达输卵管的外侧段使卵子受精，但比精子大十几倍的受精卵却不能通过狭缝进入子宫腔，于是只能就地种植于输卵管，这就造成了宫外孕。
